scripts & mots de passe en clair

[gruik]

alors voilà le problème est assez simple à énoncer; sur un serveur Linux on a classiquement tout un tas de scripts (php, perl, bash, python etc.) qui ont besoin d'avoir accès aux services, lesquels sont protégés par des mots de passe

pour prendre un exemple concret prenons le cas de mysql, on a forcément un moment donné quelque part sur le disque un fichier qui contient le user et le mot de passe pour se connecter à la db, si un pirate parvenait à exploiter au moins en partie une faille (LFI par exemple) il pourrait lire directement ces identifiants, et ça quand on parle de sécu, ben ça fait mal au cul.
le problème est le même pour les scripts des administrateurs

comment faire pour que si le pirate arrive à mettre les pieds sur la machine (avec plus ou moins de possibilités pour lui, ça va de la LFI au shell root carrément en passant par seulement un shell www-data par exemple), comment faire donc pour qu'il ne puisse rien trouver ou au moins être sacrément ralentis ?